Die weltweite Ausbreitung des Coronavirus hat dem Münchner Flughafen nach Jahren eines anhaltenden Verkehrswachstums erstmals wieder einen Rückgang der Fluggastzahlen beschert: Das Passagieraufkommen ging im ersten Halbjahr 2020 um rund 15 Millionen auf knapp 7,8 Millionen zurück und lag damit um zwei Drittel unter dem Vorjahresniveau. Die Anzahl der Flugbewegungen sank von über 200.000 Starts und Landungen auf rund 87.000 – ein Minus von 57 Prozent. Bei der geflogenen Luftfracht lag das Aufkommen bei 87.000 Tonnen und hat sich damit gegenüber dem Vorjahreswert halbiert.
Im zweiten Quartal 2020 kam der Passagierverkehr am Münchner Flughafen aufgrund der weltweiten Reisebeschränkungen fast zum Erliegen. Das Fluggastaufkommen reduzierte sich um 98 Prozent gegenüber dem Vorjahr. Die Anzahl der Starts und Landungen ging in diesem Zeitraum um rund 92 Prozent zurück. Damit verbuchte der Airport das niedrigste Quartalsergebnis seit der Flughafeneröffnung im Jahre 1992.
Die Rückgänge bei der Luftfracht fielen im zweiten Quartal mit einem Minus von 78 Prozent etwas geringer aus. Hier wirkten sich Sonderverkehre mit Frachtmaschinen aus, die medizinische Hilfsgüter nach München transportierten.
Die gravierenden Auswirkungen der Corona-Pandemie spiegeln sich insbesondere in der Verkehrsstatistik der Monate April und Mai wider. Hier lagen die Fluggastzahlen lediglich bei rund einem Prozent der Vorjahreswerte. Seit Mitte Juni die Reisebeschränkungen innerhalb der EU wieder aufgehoben wurden, zeichnet sich ein langsamer Aufwärtstrend ab: Wurden im April pro Woche lediglich einige Tausend Fluggäste gezählt, waren es in der ersten Juli-Woche bereits wieder über 100.000 Passagiere. Mittlerweile ist die bayerische Landeshauptstadt weltweit wieder mit mehr als 120 Zielen verbunden. Neben 13 innerdeutschen Verbindungen und zahlreichen europäischen Destinationen werden sieben Fernreiseziele in Nordamerika sowie fünf Langstreckenziele in Asien angeboten.
Die Verkehrszahlen am Flughafen München für das erste Halbjahr 2020:
| 2020 | 2019 | Veränderung | |
| Passagieraufkommen | |||
| Gewerblicher Verkehr | 7.767.964 | 22.744.720 | – 65,8 % |
| Flugbewegungen | |||
| Gesamt | 87.160 | 204.830 | – 57,4 % |
| Frachtumschlag (in t) | |||
| Geflogene Luftfracht | 87.134 | 162.583 | – 46,4 % |