Die Höhle von Milatos (oder auch Milatos Höhle) hat eine große historische Bedeutung auf Kreta. Während des kretischen Aufstands im Jahre 1823 nutzten die Einheimischen die Höhle von Milatos als Zufluchtsort, um sich vor den anrückenden osmanischen Truppen zu verstecken. Knapp zwei Wochen konnten die Flüchtenden – überwiegend Frauen und Kinder – der Belagerung der Höhle widerstehen. Um nicht zu verhungern und zu verdursten mussten sie sich letztendlich jedoch ergeben, wobei fast alle von den Osmanen getötetet wurden. Nur wenige junge Frauen überlebten das Massaker und wurden später versklavt.
Die Höhle von Milatos war nicht nur während des kretischen Aufstands im Jahr 1823 ein Zufluchtsort, sondern wurde auch in anderen Kriegen und Konflikten als Zufluchtsort genutzt, einschließlich des Zweiten Weltkriegs, als sie den Griechen als Versteck vor den deutschen Besatzern diente.
Die Höhle erstreckt sich über eine Fläche von etwa 1.500 Quadratmetern und hat eine maximale Höhe von 20 Metern. Bei archäologischen Ausgrabungen wurden zahlreiche Funde gemacht, darunter Keramik, Münzen, Schmuck und Waffen. Einige der Funde stammen aus der minoischen Zeit, die etwa 3.000 v. Chr. begann.
Die Milatos Höhle hat auch eine Bedeutung in der griechischen Mythologie. Sie wird mit dem Legenden-Helden Milatos in Verbindung gebracht, der angeblich in der Höhle lebte und von Zeus in einen Vogel verwandelt wurde.
